Bovins : Un nouvel Orthobunyavirus détecté dans les élevages bovins en France, en Suisse et Allemagne

Depuis le début du mois de juillet 2026, plusieurs élevages de vaches laitières situés dans l'Est de la France (Doubs, Ain, Savoie et Haute-Savoie), ainsi que dans le sud de l'Allemagne (Bade-Wurtemberg et Bavière) et en Suisse, ont fait remonter des épisodes cliniques atypiques. Les animaux affectés présentaient une diarrhée aiguë, accompagnée d'un épisode fébrile transitoire, d'un abattement général et d'une chute temporaire de la production laitière. Face à ces symptômes, les premières investigations de terrain ont d'abord cherché à évaluer les effets morbides des fortes chaleurs de la canicule et des perturbations nutritionnelles ou métaboliques associées. Parallèlement, les laboratoires d'analyse ont recherché les agents d'entérites virales et de syndromes fébriles déjà connus. Cependant, l'ensemble des tests PCR ciblant le virus de Schmallenberg (SBV), la fièvre catarrhale ovine (FCO) ou la maladie hémorragique épizootique (EHDV) se sont avérés strictement négatifs.

Devant l'absence de détection des agents pathogènes habituels, des investigations métagénomiques sans a priori ont été entreprises dès le mois de mars 2026 sur des mélanges d'échantillons de plasma et de selles issus de plusieurs exploitations de Haute-Savoie. Ces analyses ont permis d'isoler la présence d'un virus jusqu'alors non caractérisé en Europe. La confirmation officielle est tombée le 5 août 2026 dans une note de la plateforme d'Épidémiosurveillance en santé animale (ESA) : l'agent identifié appartient au genre Orthobunyavirus et s'inscrit au sein du sérogroupe Simbu. L'analyse phylogénétique a révélé qu'il s'agit d'un virus très proche du virus Shamonda, un membre de ce même groupe dans lequel figure également le virus de Schmallenberg.

Outre les travaux français, l'Institut Friedrich-Loeffler (FLI), laboratoire national de référence en Allemagne, a été saisi de prélèvements issus de quatre troupeaux touchés dans le Bade-Wurtemberg. En moins de 48 heures, des tests par PCR Pan-Simbuvirus ont affiché des signaux positifs très nets, avec des valeurs de Ct allant jusqu'à 20, témoignant d'une charge virale élevée au moment du prélèvement.

Le séquençage complet du génome viral réalisé par le FLI apporte un éclairage décisif sur l'architecture intime de ce pathogène. L'analyse génétique révèle une proximité remarquable avec le virus Shamonda, tout en exposant une différence cruciale par rapport au virus de Schmallenberg (SBV). En effet, le segment L (qui code pour la réplication virale via l'ARN polymérase) et le segment S (responsable des protéines de structure de la capside) affichent respectivement 97 % et 99 % d'acides aminés identiques à Shamonda, montrant un lien étroit avec SBV sur ces zones. En revanche, le segment M — garant de la synthèse des glycoprotéines d'enveloppe et de la réponse immunitaire — présente 95 % de similarité avec Shamonda mais accuse une divergence majeure avec le virus de Schmallenberg, atteignant moins de 50 % d'homologie. C'est précisément cette rupture génétique sur le segment M qui explique pourquoi les kits PCR ciblant spécifiquement le SBV sont restés inefficaces, confirmant scientifiquement l'émergence d'une lignée virale distincte.

Sur le plan de la santé publique, les autorités scientifiques se veulent catégoriques : les virus du sérogroupe Simbu ne possèdent pas de potentiel zoonotique connu. D'après l'état actuel des connaissances, ce virus ne présente aucun risque d'infection pour l'Homme, et aucune restriction d'accès aux produits issus de l'élevage (lait ou viande) n'est requise. Sur le plan zootechnique et sanitaire, si l'impact direct chez les animaux adultes reste léger à modéré avec un rétablissement rapide, l'attention des virologues se porte désormais sur la reproduction. En effet, chez les virus du groupe Simbu, l'infection d'une femelle gestante peut entraîner le passage du virus à travers le placenta.

D’après le Professeur Dr Martin Beer, Vice-Président de l'Institut Friedrich-Loeffler (FLI), « la question cruciale est de savoir si les infections pendant la grossesse entraînent une malformation fœtale. La nécessité et l'urgence du développement d'un vaccin dépendront en grande partie de la signification clinique et de l'impact reproductif du virus nouvellement introduit. » En fonction du stade de gestation au moment de la piqûre du moucheron, des risques d'avortement, de mortinatalité ou de malformations congénitales néonatales (arthrogrypose, hydrocéphalie) sont possibles chez les veaux ou agneaux à naître. Les recherches conduites dans les prochaines semaines permettront d'évaluer la fréquence et la sévérité de ces atteintes fœtales. 

Toutefois, du côté du terrain, la mesure prévaut. Alexandre Dimberton, président du Groupement Technique Vétérinaire (GTV) de Bourgogne-Franche-Comté, se veut rassurant : « À ce stade, la situation n'est pas alarmante », souligne-t-il, rappelant que le nombre d'exploitations concernées demeure modéré. À ce jour, la maladie ne fait l'objet d'aucune réglementation sanitaire obligatoire aux échelles nationale ou européenne.

Comme les autres orthobunyavirus du sérogroupe Simbu — généralement originaires d'Afrique, d'Asie et d'Australie —, ce virus se transmet de manière vectorielle par des moucherons suceurs de sang du genre Culicoides. La saison d'activité de ces insectes s'étend généralement de juillet jusqu'à la fin du mois de novembre selon les conditions météorologiques. Une circulation active du virus est donc attendue au sein des troupeaux sensibles durant toute la période estivale et automnale.